Jedan od krovnih ciljeva Ekomuzeja batana je osvještavanje uloge batane kao važne karike interkulturnog dijaloga kojim se rovinjska zajednica umrežava s velikom obitelji tradicionalnih plovila i s njima povezanih lokalnih zajednica na Jadranu i Mediteranu te aktivno doprinosi međunarodnim inicijativama zaštite maritimne baštine i kulture Europe i svijeta. U konkretizaciji ovog cilja, Ekomuzej batana postao je 2005. godine redovnim članom Asocijacije pomorskih muzeja Mediterana sa sjedištem u Barceloni. Ova strukovna organizacija osnovana je 1998. u Dubrovniku na poticaj Pomorskog muzeja iz Barcelone. AMMM kao pravni entitet okuplja pomorske muzeje mediteranskog bazena, kao i sve druge institucije i pojedince koji djeluju na očuvanju i prezentaciji pomorske baštine Mediterana. Glavni je cilj aktivnosti AMMM-a sačuvati maritimnu povijesti i kulturu Mediteranu, kao i poticati poštivanje visokih profesionalnih standarda kvalitete njihove interpretacije. Prioriteti djelovanja AMMM-a su poboljšanje suradnje između institucija, te promicanje zakonodavnih okvira za istraživanje, očuvanje i širenje svijesti o važnosti pomorske baštine na Mediteranu. Danas AMMM ima preko 28 punopravnih članova iz Španjolske, Portugala, Italije, Francuske, Monaka, Malte, Slovenije, Hrvatske, Turske, Grčke i Gibraltara te 17 pridruženih članova. Dragana Lucija Ratković, stručna voditeljica Ekomuzeja batana, izabrana je 2009. godine na mjesto predsjednice AMMM-a na mandat od 4 godine.
Ekomuzej batana surađuje s krovnom europskom organizacijom za maritimnu baštinu European Maritime Heritage http://www.european-maritime-heritage.org/ kao i s Federacijom mediteranske maritimne baštine (La Fédération du patrimoine maritime méditerranéen - FPMM) http://fpmm.net/.
Od 2010. Ekomuzej batana je bratimljen s Museo della marineria Washinton Patrignani iz Pesara, Italija http://www.museomarineriapesaro.info/.